การทำงานอัตโนมัติอาจมีประโยชน์ แต่ก็อาจเป็นอันตรายได้เช่นกัน เนื่องจากเป็นเรื่องง่ายที่แฟลชไดรฟ์ USB สามารถติดมัลแวร์ได้ทำให้ Microsoft ดำเนินการได้ดีเมื่อสองสามปีก่อนเพื่อปกป้องผู้ใช้โดยเฉลี่ยและปิดใช้งานการทำงานอัตโนมัติโดยค่าเริ่มต้นบนอุปกรณ์ USB แบบถอดได้ นอกเหนือจากไดรฟ์ USB ที่ติดเชื้อแล้วแฮกเกอร์ยังสามารถแพร่เชื้อคอมพิวเตอร์ที่มีโทรจันโดยใช้ซีดีหรือดีวีดี เพียงแค่โปรแกรม autorun.inf เพื่อโหลดโทรจันทุกครั้งที่มันถูกเล่นอัตโนมัติแม้ว่ามันจะขึ้นอยู่กับว่าคุณใช้งานซีดีที่ถูกเบิร์นที่สร้างขึ้นเพื่อวัตถุประสงค์ดังกล่าว นอกจากปัญหาด้านความปลอดภัยแล้ว Autorun ก็น่าหงุดหงิดเช่นกัน คุณเคยประสบสถาน